Kognitiivinen psykoterapia sisältää useita teoreettisia malleja ja niihin pohjautuvia kliinisiä sovelluksia. Siksi se sopii monien erilaisten ongelmien ja häiriöiden hoitoon. Perustana on kuitenkin yhtenäinen kognitiivinen käsitteistö ja työtavat.
Kognitiivisen psykoterapian teoria perustuu tietoon ihmisen mielensisäisestä tiedonkäsittelystä ja sen prosesseista, kuten automaattisista ajatuksista tai uskomuksista koskien itseä, muita ja maailmaa. Kognitiivisessa psykoterapiassa tutkitaan kognitiivisia, emotionaalisia, fysiologisia ja sosiaalisia prosesseja.
Painopisteenä asiakkaan kanssa työskentelyssä on aktiivinen, tutkiva yhteistyösuhde ja huolellinen käsitteellistäminen, jotta varmistutaan asiakkaan ja työntekijän yhteisen ymmärryksen luomisesta asiakkaan ongelmiin. Kognitiivinen psykoterapia on myös integratiivista, koko ajan kehittyvää ja tutkimusta tuottavaa. Kognitiivisessa psykoterapiassa terapeutti on aktiivinen, keskustelee ja kyselee.